Niezwykle ważnym elementem o którym nie wolno zapominać projektując i budując ogród zimowy jest jego odpowiednia wentylacja. Bez niej, przebywanie w ogrodzie może nie być komfortowe, szczególnie latem, kiedy powietrze w ogrodzie, dzięki przeszklonym ścianom jest mocno nagrzane. Intensywne słońce może doprowadzić nawet to wystąpienia 70º C, w takich warunkach, przebywanie w ogrodzie nie jest możliwe. Podobnie, przeszkadzającym elementem może być pocenie się szyb i tworzenie rosy. W takich przypadkach użycie szyb termoizolacyjnych oraz odpowiednia wentylacja również mogą zmniejszyć objawy zawilgocenia. Ogród zimowy może być wyposażony w różnego rodzaju wentylację – od najprostszych nawiewników, po skomplikowane systemy wentylacyjne, sterowane elektronicznie. Niezależnie od tego czy wybierzemy wentylację diagonalną, czy dachową, podstawowym parametrem który należy wziąć pod uwagę, jest kubatura jaką ma ogród. Powietrze powinno mieć możliwość trzykrotnej wymiany w ciągu godziny. Zaprojektowanie odpowiedniej wentylacji należy więc zacząć od obliczenia ilości przepompowywanego powietrza. Przy wentylacji sterowanej elektronicznie możliwe są dwa rodzaje rozwiązań. Ogrody zimowe mogą być zaopatrzone w wentylację sterowaną ręcznie, automatycznie, bądź reagującą na zmiany temperatury i wilgotności. To ostatnie rozwiązanie jest bardziej korzystne z punktu widzenia atmosfery w ogrodzie, ale mniej korzystne z ekonomicznego punktu widzenia. Automatyczne sterowanie wentylacji skonfigurować można z innymi urządzeniami wentylacyjnymi w domu.